Храброе племя Патапонов пересекло построенный в конце игры Patapon 2 мост. Таинственная коробка оказалась на их пути, и они объединили свои усилия для того, чтобы попытаться
открыть ее. В итоге, они смогли ее открыть… только вот выпустили из нее семерых злых духов, которые превратили всех, за исключением Хатапона, Патапонов в камень. Он избежал
злой участи, постигшей его товарищей, и нашел серебряного Хошипона на дне коробки, который дал ему силу побеждать злых духов.
Patapon 3 – третья часть в серии ритм ориентированных стратегических игр, в которой игрокам представляется новый Патапон Супергерой. Его можно отправить в гущу противников и
уничтожить их, используя мощные ритмические атаки. Кроме этого, появилась возможность кооперативного прохождения и многопользовательских боев с участием до восьми игроков.